В 1915 году были построены основные здания земско-городской заразной лечебницы, в том числе и здание для квартиры врача, смотрителя и конторы смотрителя. Для больницы выстроены три одноэтажных здания, каждое из них с тремя отдельными входами для госпитализации заразных больных и двухэтажное здание для размещения обслуживающего персонала; здание прачечной, кухни и один небольшой  деревянный дом для прозекторской. В 1917 году было выстроено еще одно каменное одноэтажное здание для госпитализации скарлатинных больных (7-е отделение).

В фондах Государственного архива Пермского края сохранилось дело о работе земско-городской лечебницы для заразных больных за период с 1916-1918 гг. 

Первые годы работы лечебницы пришлись на переломный этап в жизни российского государства: I-я Мировая война, Февральская революция и Октябрьский переворот 1917 года, начало Гражданской войны и в связи с этим обострение эпидемиологической обстановки на территории Пермской губернии. В этот период врачи и обслуживающий персонал под руководством старшего врача лечебницы М.И. Напольского выполняли свой долг: рискуя своей жизнью,  они спасали жизни больных.

Передвижение огромных масс людей обострили эпидемическую ситуацию в Пермской губернии. Необходимость борьбы с эпидемиями тифа и холеры заставляла предпринимать экстренные меры по спасению жизни людей: открывались заразные бараки при эвакуационных пунктах, расширялась сеть военных госпиталей,  увеличивалось до максимума количество коек в больницах, в частности, Городская заразная лечебница из наличных 104 развернута до 250 коек.

1(14) октября 1916 г. в Перми состоялось официальное открытие  отделение Петроградского императорского университета, преобразованного в мае 1917 года в самостоятельный Пермский университет. Развитие Пермского университета было нарушено гражданской войной. При отступлении Сибирской армии все имущество университета и профессорско-преподавательский состав были эвакуированы в Томск.

Дальнейшее развитие Медицинского факультета Пермского университета было бы невозможно без содействия советских организаций и лечебных учреждений города Перми, обеспечивших его клинической базой. В книге по истории Пермского медицинского института, выпущенной к 70-летию Медицинского факультета, в статье об истории инфекционной кафедры написано, что «клиника инфекционных болезней при медицинском факультете ПГУ была организована в 1920 г. профессором Флейшером Г. В. на базе инфекционного отделения 1-й клинической больницы».

Вместе с тем, согласно документам архива комиссия Медицинского факультета, осмотрев лечебные учреждения Перми и обсудив их положение в связи с задачами университетского преподавания, 16 февраля 1921 года пришла к заключению: 1) Заразное отделение, состоящее при Александровской больнице, не может быть по состоянию своему обращено в клинику…; 2) Городская заразная лечебница располагает 210 койками, работает, имея в качестве заведующего на правах совместительства профессора заразной клиники и для чисто клинических целей, выделяет из своего состава 60 коек, которые распределяются по усмотрению профессора клиники заразных болезней, а административно-хозяйственном отношении находятся в ведении губ здравотдела…».

Таким образом, организация клиники инфекционных болезней при Медицинском факультете ПГУ произошла позднее, в феврале 1921 года на базе Городской Заразной лечебницы (ныне краевой инфекционной больницы). Административный корпус Инфекционной больницы – двухэтажное кирпичное здание  по ул. Пушкина, 96 решением Малого Совета Пермского Облсовета от 20 мая 1993 г. № № 683 поставлен на учет государственного органа охраны памятников  как памятник истории местного (областного) значения, «Здание клиники инфекционных болезней, где с 1920 по 1930 гг. жил и работал профессор, доктор медицинских наук Г.В. Флейшер (1873-1930).

Сотрудники клиники инфекционных болезней под руководством профессора Флейшера активно участвовали в борьбе с паразитарными тифами, холерой, натуральной оспой и другими инфекционными заболеваниями, что было особенно актуально после завершения Гражданской войны. В 1928 году заведующий лечебницей, профессор Флейшер, поставил перед органами здравоохранения вопрос «О внутрибольничных заболеваниях в инфекционных отделениях»: «За последние годы, – с тревогой констатировал профессор Флейшер, – общий процент внутренних заболеваний, благодаря увеличению числа эпидемий значительно возрос». Причинами внутрибольничных заражений, по его мнению, были: «Широкое соприкосновение детей друг с другом, не благоустроенность амбулаторного и в частности детского приемов, диагностические ошибки врачей, а также изношенность и не благоустроенность самих больницы и недостаток квалифицированного персонала, наряду с текучестью среднего и низшего персонала. В связи с этим им был поставлен вопрос о капитальном ремонте больницы, закупке нового хозяйственного инвентаря и медицинского оборудования.

Однако проведение вышеизложенной программы во многом зависело от финансирования, которое было недостаточным. 29 января 1930 года Президиум Пермского Окрисполкома по сообщению Комиссии о результатах обследования работы Окружной больницы, констатировал, что положение дела в Пермском округе в отношении медицинского обслуживания населения не на высоте: Облздрав совсем не учитывает нужды здравоохранения Пермского округа, несмотря на быстрое развитие промышленности и наличие в Перми медицинского факультета.

1 октября 1930 года Медицинский факультет был выделен из состава университета и реорганизован в самостоятельный Пермский (1940 – 1957 гг., Молотовский) медицинский институт (ныне Пермская Государственная Медицинская академия).

Медицинский институт в момент своей организации собственных специально построенных зданий не имел и должен был приспосабливать для своих целей то, что смог выделить город Пермь из своего  фонда. Здания оказались разбросаны по всему городу, они не были приспособлены для учебной и научной работы. Клиника инфекционных болезней располагалась на усадьбе Пермской городской заразной больницы, и состояла из нескольких хорошо устроенных, просторных зданий.

Накануне 100-летнего юбилея 1-й Клинической больницы, в конце 1934 года состоялся Пленум Бюро Горкома ВКП (б), на котором обсуждался план мероприятий по подготовке празднования юбилея больницы. Среди вопросов, который обсуждал Пленум, был вопрос о заразной больнице, которая «в связи особенным ее значением в общей системе санитарных мероприятий» выделена из состава 1-й Клинической больницы в самостоятельную Городскую Инфекционную больницу № 1 со штатом 200 коек.

В 1938 году 7-е отделение больницы было переоборудовано в боксовое приемное отделение. В 1940 году в городской инфекционной больнице был организован Рентген кабинет, с 1941 года  – физиотерапевтический кабинет. В 1948 году в связи с потребностью бактериологического обследования инфекционных больных организовано бактериологическое отделение при клинической лаборатории. В 1952 году в больнице было организовано – отделение электрокардиографии и аптека.

В 1959 году администрация больницы характеризовала санитарно-техническое состояние учреждения как «не удовлетворительное»: «Больница не отвечает современным требованиям и нормам, как по планировке участка, так и по планировке и эксплуатации лечебных корпусов. Площадь участка больницы мала. Территория не имеет разграничения зон; в зоне лечебных зданий располагается хоздвор со служебными зданиями: пищеблок, прачечная, котельная, гараж не имеют достаточной зоны разрыва от лечебных корпусов.